発酵工学講座では、バイオテクノロジーの基礎を全て理解できるように、授業のカリキュラムが組まれています。２年生後期に、生物工学プログラム（発酵工学講座）への配属が行われます。また、３年生からの編入学も受け付けています。４年生になると、希望する研究室（統合生命科学研究科 生物工学プログラム）に所属して、一年間専門分野での研究指導を受け、卒業論文を作成します。各研究室では、最先端の遺伝子工学技術を駆使して、生命の仕組みに関する基礎的な研究から、環境バイオテクノロジー、バイオマスエネルギーなどの、多彩な分野での研究がなされています。また、各研究室の教官は、文部科学省、経済産業省、環境省関連の研究プロジェクトを主宰し、バイオサイエンス、バイオテクノロジーの発展に貢献するとともに、国内外で幅広い学会活動を行い、その研究成果・レベルは国際的にも高い評価を受けています。

　多くの学生は卒業後、大学院 統合生命科学研究科 生物工学プログラムに進学し、勉学、研究に励んでいます。